Для разработчиков поведение подсистемы WoW64 часто выглядит странным. И они задают вопрос, почему WoW64 использует перенаправление реестра и файловой системы вместо того, чтобы просто закрепить старые ключи реестра и "%windir%\system32" за 32-битными приложениями и позволить 64-битным приложениям определить новые ключи и использовать, скажем, "%windir%\system64" для 64-битных системных библиотек?
Краткий ответ - в силу исторического развития. Подробнее, почему так произошло можно познакомиться в блоге Алексея Пахунова. Алексей является сотрудником компании Microsoft и принимает непосредственное участие в разработке подсистемы WoW64.