Да, это возможно с использованием кросс-компилятора, который способен производить нативный код для платформы, отличной от той, на которой он исполняется.
Например, в случае с Visual C++ для создания 64-битный бинарных файлов на 32-битной Windows платформе можно использовать кросс-компиляторы X86_amd64 и X86_IA64, которые поставляются в составе пакета Windows SDK.
Стоит помнить, что для корректного портирования на другую платформу реального проекта простой перекомпиляции (даже с исправлением всех предупреждений компилятора) очень часто оказывается недостаточно. Код, работавший без ошибок на исходной платформе, может стать некорректным после его перекомпиляции на другой платформе.
Выявление ошибок портирования удобно начинать уже на этапе правки кода/перекомпиляции, что возможно, например, с помощью методики статического анализа. Это позволит произвести начальный этап миграции проекта с помощью кросс-компилятора, без необходимости запускать программу на целевой платформе.