В 64-битных версиях ОС семейства Windows присутствуют 2 варианта программы rundll32.exe: 64-битная версия: %WinDir%\System32\rundll32.exe и 32-битная версия: %WinDir% \SysWOW64\rundll32.exe.
64-битное приложение может использовать 64-битную версию rundll32.exe находящуюся в %WinDir% \System32\ для загрузки 64-битных DLL. Однако 32-битные программы, обращающиеся к %WinDir%\System32\, в целях обеспечения совместимости перенаправляются в %WinDir% \SysWOW64\ и будут таким образом использовать 32-битную версию rundll32.exe.
При наличии необходимости в обращении к директории %WinDir%\System32 из 32-битной программы запущенной в 64-битной Windows, можно воспользоваться виртуальной директорией %windir%\Sysnative для которой не осуществляется перенаправление либо использовать функцию Wow64DisableWow64FsRedirection для отключения системы перенаправления.